A．ご質問の内容を整理しますと、「商標登録出願した商標」は、まだ特許庁に商標登録されていない段階ということと致します。
もし、既に特許庁に商標登録されている商標であれば、商標権侵害を理由に当該他人に当該商標を使用差止を請求したり、損害賠償を請求することになります。
ここでは、特許庁に商標登録出願をしたものの、まだ商標登録されていない段階で、当該商標と同じ商標を他人に使用されてしまっている状態に対して、何か対処方法はあるか、ということをお伝え致します。
金銭的請求権
商標法第１３条の２には「設定の登録前の金銭的請求権等」という規定があります。
簡単に申しますと、上述のような場面で、出願した商標と同じ商標を使用している他人に所定金額の金銭を請求することができる旨が規定されています。
このケースのように、商標出願を行った後、商標登録される前の段階でも、その商標の出願人の業務上の信用の保護は必要であるとも考えられることから、このような金銭的請求権の制度が設けられています。
しかしながら、商標出願はしたものの、まだ商標登録されていない商標であることから、金銭的請求権を行使するための要件が幾つか定められています。
商標法第１３条の２第１項と第２項の条文に沿ってご説明致します。
商標法第１３条の２第１項
「商標登録出願人は、商標登録出願をした後に当該出願に係る内容を記載した書面を提示して警告をしたときは、」
（金銭的請求権を行使するためには、事前に所定事項を記載した書面で警告をしておく必要があります。）
「その警告後商標権の設定の登録前に当該出願に係る指定商品又は指定役務について当該出願に係る商標の使用をした者に対し、」
（「当該出願に係る指定商品又は指定役務について当該出願に係る商標」とありますので、類似の商標、類似の商品・役務については金銭的請求権に含まれていません。）
「当該使用により生じた業務上の損失に相当する額の金銭の支払を請求することができる。」
（「当該使用」とは、警告をした後の商標使用を意味します。また、「業務上の損失に相当する額」なので、商標を出願した方に業務上の損失が発生していないと金銭的請求権は行使できず、業務上の損失が発生していることの前提として、商標出願人による当該商標の使用の事実が必要です。）
商標法第１３条の２第２項
「前項の規定による請求権は、商標権の設定の登録があつた後でなければ、行使することができない。 」
（金銭的請求権を行使できるのは、当該商標が商標登録された後になります。出願中の商標は必ずしも全て商標登録される訳ではないためです。）